Este tipo de filtragem tem como objetivo eliminar substâncias a nível
molecular, onde a filtragem mecânica não retém tais substâncias.
Estas substâncias podem ser polarizadas (íons) e não polarizadas
(moléculas). Ela é feita exclusivamente pelo carbono ativado (carvão
ativado) ou similares, que retêm as moléculas através de micróporos do
carvão ativado retirando odores e gases existentes na água.
Muitos aquaristas dispensam o uso da filtragem química devido a absorção
de nutrientes requeridos pelo sistema do aquário, como em aquário com
plantas. Outros aquaristas são a favor do uso, devido a este esgotamento
de nutrientes minerais ocorrer naturalmente com o decorrer do tempo. O
fato é que variando o tipo da montagem e necessidade, o aquarista deverá
analisar criteriosamente se compensa seu uso.
O uso de mídias destinadas a filtragem química deverá ser suspenso
enquanto estivermos administrando medicamentos ou qualquer outro
elemento, como fertilizante líquido por exemplo, ele absorverá de modo
seletivo prejudicando o resultado esperado.
A quantidade de carvão ativado utilizado poderá variar de 1g/L a 2g/L conforme necessidade, e deve-se trocá-lo mensalmente.
Além do comum carvão ativado, existem outros materiais para a filtragem
química como as resinas deionizadoras que possuem uma boa capacidade de
absorver íons dissolvidos na água. Apesar de ter um custo relativamente
elevado em comparação ao carvão ativado, são melhores por absorver
certas substâncias no qual o carvão ativado deixa a desejar.
Atualmente também está disponível no mercado resinas renováveis, elas
fazem a mesma função do carvão ativo, porém, pode-se regenerar as
resinas após lavagem em água sanitária. A vantagem deste é que seu uso é
prolongado. Embora possua valor mais elevado que o carvão ativo, a
médio prazo acaba compensando seu uso.
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